目前还没有针对肾小管间质性损害的特异有效药物治疗，通常采取的是对症治疗和支持性治疗。 对于明确有病因的患者，需要首先排除病因，例如停止使用对肾脏有毒副作用的药物或者离开对肾脏有损害的环境。对于患有原发病引起的肾小管间质性肾炎尤其是活跃的原发病患者，应当首先进行有效药物治疗来控制原发病。对于存在尿路梗阻、尿液倒流等问题的患者，必要时需要进行手术治疗。加强对治疗的支持，避免任何可能对肾脏造成伤害的因素，助于逐步康复已出现的肾小管间质损害。有些专家认为，在治疗急性过敏性间质性肾炎时，使用激素能够有效地减少肾脏功能恢复的时间。然而，由于大多数药物引起的过敏性间质性肾炎在停药后，通过对症和支持性治疗即可快速康复，所以使用激素需慎重考虑其利弊。急性肾小管间质性肾炎的预后通常是乐观的，大部分情况下是可以逆转的病变，但有一小部分患者可能会留下肾损伤，甚至可能进展到终末期肾衰竭。