深夜感到肾结石疼痛时，建议先尝试使用非甾体类消炎镇痛药来缓解不适。例如双氯芬酸钠、布洛芬等药物，可以抑制体内前列腺素的生成，减少人体对疼痛物质的敏感度。双氯芬酸钠还能减轻输尿管水肿，降低疼痛再发的可能性。当疼痛特别剧烈时，可考虑使用哌替啶、曲马多等阿片类镇痛药来缓解。在使用这些镇痛药物时，应配合黄体酮等药物治疗，以改善尿道平滑肌，舒缓痉挛，促进结石的排出。同时，患者也应及时就医接受检查和治疗，争取尽快将结石排出体外，以避免造成不良影响。