同房后小腹隐隐作痛的原因可能有以下几种：

1. 生理性反应：在性生活过程中，子宫和卵巢可能受到刺激，导致一时的轻微不适，尤其是在排卵期或月经前后，子宫收缩较为明显，可能引起轻微疼痛。

2. 宫颈刺激：如果同房时姿势或动作过于激烈，可能对宫颈造成刺激，导致小腹不适。特别是如果宫颈本身较为敏感，可能会出现疼痛感。

3. 妇科疾病：如盆腔炎、子宫内膜异位症、卵巢囊肿等，这些疾病可能会导致同房后出现腹痛，尤其是疼痛较为持续或加剧时，建议及时就医检查。

4. 怀孕初期：如果有怀孕的可能，早期怀孕的女性可能会感觉到下腹部轻微的拉扯感或隐痛，这也是一种正常的生理现象。

如果同房后小腹隐痛的症状轻微且短暂，通常不必过于担心。但若疼痛持续加重或伴有其他不适症状，如异常分泌物、发热等，建议尽早就诊，排除潜在的健康问题。